肛周囊肿形成的常见原因是肛裂、大便干燥或用力排便等引起肛管直肠内微小损伤，肠道内细菌可经过损伤处的肛腺浸入到肛管直肠周围间隙而形成感染，进而形成脓肿。如果脓肿的位置较深，则可能有发热、乏力等全身症状，肛周部的疼痛红肿往往不太明显。肛管直肠周围脓肿一般不能自行痊愈，如任其发展，最终脓肿将向肛周皮肤或肛管直肠腔内破溃形成肛瘘。应该多吃水果蔬菜维生素含量高的食物。
肛周脓肿是由于肛窦炎造成的，多为肛腺隐窝处，肛窦感染所致，临床上常见的包括，腹泻，上火，免疫力低下等。肛周脓肿的治疗，如果处理的不是那么彻底，就会反复的发作，也有可能会导致其他的症状的发生。所以要重视肛周脓肿，选择有效治疗肛周脓肿的方法。
肛周囊肿的发病原因。系胚胎发育3~5周神经沟形成神经管时，来源于神经嵴的外胚层细胞异位残留包含于神经管内，这些残留的上皮成分成为日后发生表皮样囊肿的病理来源。病因多为毛皮脂腺毛囊周围的炎症及穿透真皮将表皮或附属器上皮植入的损伤或手术等。
出现肛周囊肿主要与各种因素引起肛腺感染有关，比如痔疮、肛瘘、肛门周围皮肤毛囊汗腺炎及肛门周围皮肤病等感染。除此之外，与医源性因素、术后因素等引起肛周皮肤损伤感染所致。
表皮样囊肿，又称角质囊肿、毛囊漏斗部囊肿，起源于具有分化潜能的上皮细胞，囊壁覆角化上皮。该病多发于青壮年，是一种良性肿瘤，罕有恶变，多见于面部、颅内、颈部、躯干、阴囊、睾丸等部位，发生于肛周较少见。
直肠肛管组织内，或者周围间隙内发生感染发成为囊肿，多为肛腺感染也可发生在皮肤感染如皮脂腺囊肿感染，损失，裂伤等。多数囊肿在刺破或手术切开引流后形成肛瘘。