治疗肛瘘最先进的办法是到正规医院检查并治疗，PPH微创术，是一种几乎无创伤的治疗方法，采用的是“下病上治”的治疗方式，在保留肛垫组织下，消除了肛肠疾患发生的根源，避免复发，是世界肛肠手术的前沿技术。
肛瘘的治疗以手术为主。首先要明确肛瘘在那些部位，是单纯性或者复杂性肛瘘，才能明确治疗方案。目前常规的方式是手术疗法。目前有中西医结合治疗，药物压缩疗法治肛瘘不开刀，是一种较好的方式。
肛瘘就是有慢性肛管直肠炎长期腐蚀刺激，形成肛周脓肿，进一步破溃排脓，形成肛瘘，大部分肛瘘由肛门直肠脓肿破溃或者切开排脓后形成，一定要去专业正规的医院接受检查和治疗。要以清淡而且富含维生素的食物为主，比如绿豆、萝卜、冬瓜等新鲜蔬菜。也可以尝试多吃一些含蛋白质类的食品，比如瘦肉、牛肉以及蘑菇。
肛瘘是需要医治，不治是不会自己好的，一般可以通过手术医治，在饮食方面要清淡，主要吃流食和易消化食物、可以多吃青菜和水果，平时还要注意局部卫生，多用清水清洗，还要多注意休息。
肛瘘是不能针灸治疗的。肛瘘是由于肛周脓肿造成的窦道，由于与外界相通，大便时会有粪便进入窦道，长期感染，经久不愈，是一种器质性病变。可以在痿官内塞药纸进行治疗。