对于肛周脓肿，西医常用的是抗生素，可以通过口服或者静脉点滴来进行治疗。
对于肛周脓肿，可以在浅浅的地方涂抹，如果是在皮肤比较浅的地方，那么就可以进行手术。反之，局部脓肿不是消失，而是扩大，或者是软化，就是已经形成了脓液，可以通过切口排脓。对于小儿肛周脓肿，父母要立即送到正规的医疗机构进行正确的处理，以促进病情的好转。上述药品需要在医生的指导下服用。
婴儿肛周脓肿的治疗方式如下：
小儿肛周脓肿的治疗要看病情的严重程度，进行针对性治疗。首先，可以用抗生素来控制感染，在家里用温水坐浴。如果形成脓肿，需要切开引流。开始会出现皮肤红肿硬结，然后会变软，会有波动感，还有一些孩子会出现高烧、呕吐等症状。肛周感染是由肛周软组织引起的急性化脓性感染导致的，这是一种很特殊的疾病，一般是由肛门部位的皮炎、疖肿、粗糙的尿布划破肛周组织，或者是感染引起的周围脓肿。
肛周脓肿一旦形成须手术治疗才能彻底治疗。肛周脓肿是指肛周直肠周围组织或周围间隙出现急性化脓性感染并形成脓肿，称之为肛管直肠周围脓肿，又叫肛周脓肿。肛周脓肿是一个感染性疾病，起先会在肛周感觉到有硬结，继而发展出现疼痛、红、肿，会出现坐卧不宁、排便困难、里急后重乃至出现全身性因素，比如发热、寒战、乏力这些症状。
肛周脓肿的治疗方法，包括非手术治疗和手术治疗。非手术治疗方法包括应用抗生素治疗，选用对革兰氏阴性杆菌有效的抗生素，也可以采取温水坐浴和局部理疗，以及口服相关药物，以减轻排便时的疼痛。脓肿切开引流是治疗肛周脓肿的主要方法，一旦诊断明确，即应切开引流。
抽脓减压局部消毒，可暂时减轻脓腔张力，缓解疼痛，适用于临时应急处理，但不能代替手术。切开排脓属于暂时性应急处理。可排出脓液，迅速减轻症状，但不能代替治疗术，一般约需3个月左右，待瘘管形成，内口明确，再行治疗术。为进一步减少手术创伤，可采取双向等压引流手术治疗，术中采取半切割挂线，并放置引流管，可不切断肛直环而使脓腔愈合。