中医治疗肛瘘病可以用熏洗疗法，主要用于术前术后的治疗，起到消肿止痛的效果。药物可以用：菊花，黄柏，蒲公英等。主要起到清热解毒，消肿止痛，祛湿止痒的功效。可以先熏蒸，然后再用药水进行外洗。
中医治疗肛瘘需要吃一些相关药物进行治疗，同时在平时生活中要注意个人卫生，养成良好的生活习惯，少吃辣以及油腻的食物，注意清淡饮食，避免熬夜劳累。必要时可以到医院检查一下。
中医治疗效果不好，需要通过手术治疗。不过肛瘘拉丝疗法实际上是一种中药的手术方法，即将瘘管壁与丝线或胶线结合，使其慢慢解剖，从而起到治疗肛瘘的作用，应及时到正规医院检查，在医生的指导下进行肛瘘治疗。
中医治疗肛瘘的优点是痛苦小，中医治疗肛瘘的方法最常用方的是消法，托法，补法。其中消法是先用些消散的药物，使初起的肛周痈疽和炎性外痔等得到消散，免受溃脓和切开之苦。托法是用补益气血的药物，扶助正气，托毒外泄，以免毒邪内陷。补法是用补益的药物，恢复正气，助养患处新生，使疮口、瘘口早日愈合。
有效的。主流的治疗方法还是西医的手术，比如挂线法等，这些手术可以将肛瘘部位炎症消除，对于治疗起到根本作用。但是，有些会表现为肛瘘术后不愈合或者出血严重等一系列症状，可以通过中医中药的方式煮水熏洗，可以使肛瘘尽快愈合，对于辅助治疗肛瘘有很大的益处。另外，肛瘘者平时尽量不要吃刺激性食物，像酒类、辣椒、大蒜等辛热之品都不能吃，多吃新鲜水果和蔬菜。