直肠内异物损伤后感染，肛管直肠癌破溃或波及深部的感染，都是肛周脓肿的发病原因。感染性因素，感染是引起肛门脓肿的主要原因。因肛裂、痔疮、肛窦炎、肛门周围皮肤毛囊汗腺炎及肛门周围皮肤病等感染，可形成肛周脓肿。术后因素肛门直肠手术引起感染，而形成的直肠周围脓肿，以及尿道术后感染、会阴部术后感染等引起肛周脓肿。医源性因素，大部分都是治疗方法不当引起的。如内痔手术治疗，因操作不当或感染形成肛周脓肿。
肛瘘的治疗原则是将瘘管切开，形成敞开的创面，促使愈合。肛瘘不能自愈，不治疗会反复发作，需要手术治疗。肛瘘的手术方式很多，手术是减少肛门括约肌的损伤，防止肛门失禁，同时避免肛瘘的复发。
肛周脓肿一般是由于肛窦炎造成的，局部形成脓肿以后保守效果不好。和饮食也有一定的关节，经常吃一些含有刺激性的东西，比如是一些辛辣的东西，久而久之导致炎症问题。
肛周脓肿是由于肛管直肠周围软组织或周围间隙内发生急性化脓性感染所致。建议出现肛管直肠周围脓肿应及时治疗，少数肛周表浅的脓肿可采用抗生素治疗、热水坐浴、局部理疗等方法消散，但多数需要手术切开脓肿，充分引流脓液，防止其不断扩散，以减轻疼痛等症状。
中医治疗分为内治法和外治法。内治法需内服清热解毒，或者是益气、透脓、活血祛瘀等药物。外治法有外敷法和熏洗法。外敷法可以外敷清热解毒，活血祛瘀的药物。熏洗法可用中药坐浴。