任由肛瘘发展，会对括约肌造成严重损伤，甚至可能造成肛门失禁等并发症。肛瘘的多发会形成直肠阴道瘘、直肠尿道瘘和直肠膀胱瘘，危及周围脏器，并且多年未治或误治的老肛瘘有癌变的可能。肛瘘的多次反复发作，脓液可穿破管壁顺括约肌间隙蔓延而成多发性、复杂性肛瘘，不但给治疗带来困难，而且也影响到肛门的生理功能。
肛周脓肿为肛肠科的急症之一，是指肛门直肠周围组织内或其周围间隙内发生的急慢性化脓性的感染，并且形成脓肿，又称为肛门直肠周围脓肿，具体危害如下：肛周脓肿，起病急，进展快，短期内感染，可形成肛门直肠周围多个间隙脓肿，破坏肛周正常解剖对年老体弱或糖尿病的，可出现筋膜坏死性的筋膜炎及感染沿筋膜蔓延至下肢、腹部、背部、臀部等，严重者，可危及生命。
肛周脓肿不会自愈，应该考虑需要手术治疗，如果不积极治疗，肛周脓肿破溃后会形成肛瘘，这种症状也需要手术治疗。确诊肛周脓肿后，积极手术治疗，需要应用抗生素药物，手术后积极的换药，大部分都能一期愈合，保持肛门清洁。
肛周脓肿术后饮食根据肠胃肠道内环境来调控，不需要早期就控制饮食，建议做完手术后，恢复到正常饮食即可，比如可正常吃点米饭、蔬菜、肉食。早期时可适当控制，注意清淡饮食，海鲜、海产品、菌类，以及容易引起肠道不适的食物要适当控制，一般不需要对饮食有太强要求。
肛周脓肿形成的原因多数是由于肛窦炎感染未得到及时控制，而波及到肛门直肠周围软组织，从而形成局限性脓肿。肛窦一旦感染后，会引起肛门腺感染化脓，炎症向肛周间隙内扩散形成肛周脓肿。