肛瘘的分类法甚为复杂，目前国内外各学者都按自己对肛肠解剖的认识及临床经验提出不同的分类法，这对临床记录与统计带来了一定的困难。为此，作者根据肛肠解剖，结合近20年的临床记录并参考了国内外的分类，提出了新的分类法，并应用此法统计1，154例的临床资料，阐明肛瘘手术中发现瘘管的位置、形态、病变性质以及肛瘘术。
肛瘘有外瘘和内瘘、低位瘘和高位瘘等，外瘘至少有内外二个瘘口，一个在肛门周围皮肤上，另一个在肠腔内；肛管直肠环平面以下者为低位瘘，在此平面以上为高位瘘。肛瘘不能自愈，肛瘘会影响日常的生活，早治早好，不治疗会反复发作直肠肛管周围脓肿．因此必须手术治疗。
肛瘘分为外瘘和内瘘。肛瘘是指肛管直肠与肛门四周皮肤相通的肉芽肿性管道，民间又称为“偷粪老鼠”，由内口、瘘管、外口三部分组成。内口位于齿线四周；外口位于肛周皮肤上，以30岁-40岁中年人为主，多见于青壮年男性。临床症状有流脓血性、粘液性分泌物，肛门潮湿、肛门瘙痒，肛门湿疹，间歇性反复发作，不能自愈。
一共分为四类。第一，括约肌间肛瘘，大部分为低位肛瘘约占到70%，第二，经括约肌肛瘘，可以是低位或者是高位肛瘘，瘘管穿过肛门内外括约肌，位置比较高，内口也是在齿状线，外口经常不止一个。第三，括约肌上瘘，为高位肛瘘，比较少见，瘘管向上穿过肛提肌，达到肛管直肠环以上水平。第四，括约肌外肛瘘，瘘管穿过肛提肌，直接与直肠相通。这种肛瘘，大部分是由克罗恩病，肠癌或者外伤所致。
按病变程度分类：单纯性肛瘘，只有一条瘘管，内外口直通的肛瘘；复杂性肛瘘，瘘管和外口在两条或两个以上，但内口可以是一个或多个的肛瘘。按病变的深浅分类：低位肛瘘，瘘管管道位于外括约肌深层以下的肛瘘；高位肛瘘，瘘管管道位于外括约肌深层或耻骨直肠肌以上，内口在齿线或齿线以上的肛瘘。