小儿慢性肠炎的发病率很高，一般是因为病毒感染而导致的，一般情况下，小儿慢性肠炎的治疗主要根据病毒和非侵入性细菌来判断。
临床表现出明显的中毒症状，尤其是新生儿、婴幼儿、重症患儿可选用抗生素。抗生素不能治疗由病毒引起的肠炎。治疗由寄生虫引起的肠炎需要服用一些抗寄生虫的药物。可以适当选择胃肠粘膜保护剂和微生态治疗。
宝宝慢性肠炎可以用抗生素，配合益生菌，胃肠粘膜保护药物治疗。是由于微生物感染而导致小肠及结肠的炎症。临床表现为腹痛、腹泻等。这期间要注意多喝水，多吃新鲜的蔬菜和水果。
慢性肠炎是有由细菌、病毒或者寄生虫引起的胃肠道疾病。治疗慢性肠炎时需根据细菌药物敏感实验结果选用合适的抗菌药物。还有就是需要补充足够的液体以及纠正电解质和酸中毒。建议在日常生活中要有良好的用餐习惯，不吃变质和不干净的食物。养成餐前便后洗手的习惯。
小孩慢性肠炎是临床常见的症状之一，很多都有腹胀，大便次数增多等症状。治疗上可以口服药物改善腹泻、腹痛症状，也可以口服中药来进行治疗。同时注意饮食，不要饮酒和进食辛辣刺激的、生冷的食物。
孕妇慢性肠胃炎的话，是肠道菌群紊乱所导致的，补充一些益生菌来缓解此情况，腹泻的厉害可以使用止泻药物进行止泻，腹泻频繁需要及时补充水分和电解质以免出现脱水和电解质紊乱。饮食要清淡，以流食为主，很快会恢复正常。
小儿慢性肠炎老反复，家长要注意护理。
慢性肠炎最明显的特征就是病程较长，而且很容易复发。生活中要让孩子保持良好的心态，不要受到精神刺激，缓解心理上的压力。同时要注意衣服的保暖，多运动，加强身体。饮食上要注意多吃一些柔软、易消化、营养丰富、热量充足的食物，同时要注意多吃维生素、少吃生冷、油腻的食物。慢性肠炎患者不能吃有气的食物，因为这种疾病会反复出现溃疡和疤痕纤维，从而使结肠的弹性下降，吃豆制品、炒蚕豆、白薯等易引起肠道内气体充盈，从而出现急性肠膨胀、溃疡穿孔等并发症。