对于肛周脓肿，西医常用的是抗生素，可以通过口服或者静脉点滴来进行治疗。
对于肛周脓肿，可以在浅浅的地方涂抹，如果是在皮肤比较浅的地方，那么就可以进行手术。反之，局部脓肿不是消失，而是扩大，或者是软化，就是已经形成了脓液，可以通过切口排脓。对于小儿肛周脓肿，父母要立即送到正规的医疗机构进行正确的处理，以促进病情的好转。上述药品需要在医生的指导下服用。
婴儿肛周脓肿的治疗方式如下：
小儿肛周脓肿的治疗要看病情的严重程度，进行针对性治疗。首先，可以用抗生素来控制感染，在家里用温水坐浴。如果形成脓肿，需要切开引流。开始会出现皮肤红肿硬结，然后会变软，会有波动感，还有一些孩子会出现高烧、呕吐等症状。肛周感染是由肛周软组织引起的急性化脓性感染导致的，这是一种很特殊的疾病，一般是由肛门部位的皮炎、疖肿、粗糙的尿布划破肛周组织，或者是感染引起的周围脓肿。
对于脓肿来说，首先要进行切开引流，而对于这些增生的肉芽，可以进行修剪，予以切除，然后要注意按时的换药消毒，在治疗期间要用油纱填塞脓肿腔，避免皮肤先愈合，这样逐渐从脓肿腔的底部长平了，绝大部分经过手术治疗就能获得痊愈，部分会导致脓肿复发，需要进行二次手术治疗。
手术治疗，抽脓减压局部消毒，可暂时减轻脓腔张力，缓解疼痛，适用于临时应急处理，但不能代替手术。切开排脓属于暂时性应急处理。可排出脓液，迅速减轻症状，但不能代替手术，一般约需3个月左右，待瘘管形成，内口明确，再行手术。
肛周脓肿是必须手术才能好的疾病。手术治疗时要注意引流彻底，以免引流不畅形成肛瘘，要遵医嘱定期换药。保持肛周清洁干燥。静脉注射抗炎药物控制感染多喝水，多吃富含维生素的蔬菜水果，忌辛辣刺激性食物。