首先要治疗小儿的慢性肠炎，要根据孩子的肠道是否有不同的分类，如果是细菌性肠炎，可以口服一些抗生素，在医生的建议下使用。同时要及时的用药物来治疗儿童的慢性肠炎，如果病情稍微好一点的话，如果不及时停止用药，可能会导致病情加重。小儿慢性肠炎的患者可以及时前往正规医院，在医生指导下使用必要的药物进行治疗，改善腹泻、腹痛等情况。
一般情况下，可以通过临床症状、检查结果等来判断慢性肠炎，具体内容如下：
1.临床症状：如果患者患有慢性肠炎，可能会出现腹痛、腹泻、粘液脓血便等不适症状，病情比较严重时，患者还可能会出现发热、恶心、呕吐等表现。
2.检查结果：如果患者患有慢性肠炎，通过纤维结肠镜检、便常规检查、血常规检查等方式，通常能发现相关数值的变化，从而确诊患者的病情，并针对性地进行治疗。
婴儿出现慢性肠炎病不能自愈，必须要经过治疗才可以痊愈，一定要进行大便检查，确定什么感染，如果存在细菌性炎症，选择抗生素，如果是病毒感染引起的，选择益生菌也有帮助。
宝宝会开始出现腹泻以及频繁恶心呕吐的情况发生，并且，腹痛剧烈，腹泻次数多，而且多是水样便，带有未消化的食物，这是最为常见的现象；在平时生活中需要妈妈们及时的照顾到宝宝的细节，注意观察宝宝有无一些不健康的表现，比如：食欲下降、经常性的出现一些痛哭、或者是经常性的出现一些腹泻、身体上出现一些发热等。
除了吃药以外，慢性肠炎是很难治疗好的，时间会拖得很长。还要注意在饮食上注意多吃清淡有营养的食物，腹泻的病人不宜吃。鸡蛋，注意饮食卫生。清淡饮食，多吃新鲜蔬菜水果，多喝水，忌辛辣食物。
能否获得治疗主要取决于引起肠炎的病因。细菌性肠炎通常发病于夏秋季节，进食不洁食物以后引起肠道菌群紊乱，通过及时的补液、以及抗生素治疗调整肠道菌群，通常可以获得治疗，而对于结核性的结肠炎，需要正规的抗结核治疗。