肛瘘的治疗原则是将瘘管切开，形成敞开的创面，促使愈合。肛瘘不能自愈，不治疗会反复发作，需要手术治疗。肛瘘的手术方式很多，手术是减少肛门括约肌的损伤，防止肛门失禁，同时避免肛瘘的复发。
肛周囊肿程度比较轻，可以通过注意休息坐浴，局部周围热敷，可以进行较快的缓解，如果肛周脓肿比较严重，需要进行手术治疗。肛周囊肿严重就切开引流。忌辛辣刺激忌酒，可消炎药物坐浴，按时休息，避免久蹲久坐，保持大便通畅。
肛周脓肿疮和肛裂，肛窦炎，肛瘘在肛肠疾病是很常见的，这种问题有关，一旦肛周形成脓肿，单靠保守治疗效果不佳，建议还是要手术治疗，行脓肿切开引流，肛瘘在肛肠疾病是很常见的，这种问题挂线，坐浴，切口定期换药，不耽误噗乳。
治肛周囊肿大约需要7-10天的时间。多数需要手术切开脓肿，充分引流脓液，防止其不断扩散，以减轻疼痛等症状。伴有肛瘘的肛管直肠周围脓肿，要治疗必须先处理肛瘘，局部可用中药的溶液坐浴，使会阴保持清洁。同时应用抗生素控制感染。
医治肛周囊肿可以进行手术医治，恢复时间一般是一个月时间，平时要保持局部清洁与卫生，清淡流汁饮食，保持大便的通畅，还要注意休息，不要熬夜，养成良好的生活习惯，平时要多注意喝水。
肛周囊肿手术做了就可以走路，手术后一般十天左右拆线，就恢复正常了。养成良好的生活习惯，作息规律，睡眠充足，不要熬夜，不要劳累，锻炼身体，提高身体素质，增强免疫力。同时注意饮食清淡，避免吃辛辣生冷油腻的食物，注意保暖，避免冷刺激。