慢性肠炎主要症状无特异性，多数有不同程度的消化不良症状，主要有反复性的腹部胀痛，疼痛部位不确切，通常发生在饭后，大便稀薄并带有黏液，有的甚至带有少量脓血，排便次数增多，每日2次到3次或更多。
大便次数增多，会出现腹痛，其次有嗳气、早饱、恶心、泛酸。进食硬、冷、辛辣等食物或受凉、气温下降时，可引发或加重症状。部分患儿会出现食欲不振、乏力、消瘦及头晕，伴有胃糜烂者可出现黑便。
慢性肠炎可能有以下症状及治疗方式：
慢性肠炎的临床特征是下腹部的坠胀痛，通常在感冒、贪吃凉之后会加剧，常伴有腹痛、粘液便等。可以在医生指导下服用阿莫西林颗粒、左氧氟沙星片、磷酸奥司他韦胶囊等药物进行治疗。在服用药物之前患者需要定期去医院做个便常规检查，以确定是否存在致病菌，可以结合服用抗生素进行抗炎处理。
儿童慢性结肠炎最常见的临床症状是黏液便及脓血便，轻者每天3～4次，重者数十次，呈血水样。轻度病人无腹痛或仅有腹部不适。一般有轻度至中度腹痛，系左下腹或下腹阵痛，涉及全腹痛，排便后缓解的规律。还可能有贫血、发热、腹胀、消瘦、乏力、肠鸣、失眠、多梦、怕冷等症状。
宝宝会开始出现腹泻以及频繁恶心呕吐的情况发生，并且，腹痛剧烈，腹泻次数多，而且多是水样便，带有未消化的食物，这是最为常见的现象；在平时生活中需要妈妈们及时的照顾到宝宝的细节，注意观察宝宝有无一些不健康的表现，比如：食欲下降、经常性的出现一些痛哭、或者是经常性的出现一些腹泻、身体上出现一些发热等。