中医治疗肛瘘病可以用熏洗疗法，主要用于术前术后的治疗，起到消肿止痛的效果。药物可以用：菊花，黄柏，蒲公英等。主要起到清热解毒，消肿止痛，祛湿止痒的功效。可以先熏蒸，然后再用药水进行外洗。
肛瘘就是有慢性肛管直肠炎长期腐蚀刺激，形成肛周脓肿，进一步破溃排脓，形成肛瘘，大部分肛瘘由肛门直肠脓肿破溃或者切开排脓后形成，一定要去专业正规的医院接受检查和治疗。要以清淡而且富含维生素的食物为主，比如绿豆、萝卜、冬瓜等新鲜蔬菜。也可以尝试多吃一些含蛋白质类的食品，比如瘦肉、牛肉以及蘑菇。
高位肛瘘与低位肛瘘的区别在于，高位肛瘘是指瘘管已经到达坐骨直肠间隙、或者骨盆直肠间隙，低位肛瘘指瘘管的位置较浅，多在括约肌间隙、皮下脂肪间隙、或者是肛门后间隙。
中医治疗肛瘘的优点是痛苦小，中医治疗肛瘘的方法最常用方的是消法，托法，补法。其中消法是先用些消散的药物，使初起的肛周痈疽和炎性外痔等得到消散，免受溃脓和切开之苦。托法是用补益气血的药物，扶助正气，托毒外泄，以免毒邪内陷。补法是用补益的药物，恢复正气，助养患处新生，使疮口、瘘口早日愈合。
肛瘘属中医湿热下注型，是肛周脓肿的后遗症，肛隐窝呈漏斗状，易出现破溃感染，感染向下蔓延形成肛周脓肿，脓肿溃破后形成肛瘘，分为高位复杂性肛瘘、高位单纯性肛瘘、低位单纯性肛瘘、低位复杂性肛瘘四种类型，瘘口位于直肠外括约肌深层以上称为高位肛瘘，中医采用挂线疗法，其特点是可避免完全切除瘘道而致的肛门升高，因瘘道切除后不易吻合，愈合过程中肌肉收缩会引起肛门升高。