肛周囊肿的治疗应该严格的与肛周脓肿进行区分，肛周脓肿仅需要切开引流或者把脓腔切开就可以达到根治的目的。但是肛周囊肿的治疗，它的治疗是完整切除囊肿的囊壁组织以及内容物，有任何囊壁残留都可以导致疾病的复发。
肛周囊肿可采用药物治疗、热水坐浴、局部理疗等方法消散，但多数需要手术切开囊肿，充分引流脓液，防止其不断扩散，以减轻疼痛等症状。要注意清淡饮食，多吃易消化食物，保持大便通畅，避免久坐。
肛周脓肿，手术切开引流是治疗的关键措施，同时必须做换药治疗，每天换药，调节饮食同，不吃刺激性食物，同时需要做坐浴治疗。多吃高蛋白高维生素食品如鸡蛋瘦新鲜蔬菜水果等，促进刀口愈合。
肛周囊肿是一种很常见的肛肠科疾病，在囊肿形成的早期，病者可以采用抗感染治疗，比如可以使用抗生素，热水坐浴、理疗等治疗，同时病者也要预防其它肛肠疾病，比如肛窦炎肛裂，痔疮等，在饮食上要多注意吃一些清淡易消化的食物，防止便秘。
肛瘘的治疗原则是将瘘管切开，形成敞开的创面，促使愈合。肛瘘不能自愈，不治疗会反复发作，需要手术治疗。肛瘘的手术方式很多，手术是减少肛门括约肌的损伤，防止肛门失禁，同时避免肛瘘的复发。