如果相对较小，则可在消炎后自行吸收。如脓肿腔较大，需手术切开引流。手术后，每天都要洗碘伏坐浴。如果肛周脓肿已经确诊，说明脓肿已经形成，需要手术治疗。如果脓肿引流，很难消除炎症和脓肿腔。应该遵循医生的建议进行手术治疗，加强换药和辅助抗生素治疗。
大多肛周囊肿周期都是比较长，至少在一个月以上，要先去医院做一个肛窥镜检查，然后按照肛窥镜检查来决定治疗手段。多数都是一期先切开脓肿，彻底引流，并抗感染治疗，然后二期再进行肛瘘挂线术的。
肛周囊肿挂号可以到普通外科或者肛肠科挂号。肛周囊肿属于肛周的急性感染性疾病。肛周囊肿发生的原因，主要是由于肛窦的炎症反复不愈所导致的，也有一些人是由于激发肛周软组织的感染，而形成的皮下脓肿。表现为明显的肛周疼痛，伴有发热、恶心、呕吐；深部脓肿还会有明显的寒战、高热、乏力。
15天-30天。肛周脓肿是由于肛周间隙细菌入侵感染导致的一种疾病，大部分是需要进行手术治疗的，手术之后要按时换药，积极的进行治疗，治疗期间不要吃辛辣刺激的食物，戒烟戒酒，不要久坐。
表浅脓肿可选择口服光谱抗生素，对范围相对大的脓肿需联合用药。早期通过积极的手术治疗，绝大部分肛管直肠周围脓肿可获得理想的效果。高位脓肿病情复杂，存在反复发作可能。极少数因感染过重，可造成死亡。
一般肛周囊肿手术以后，恢复的比较慢，一般需要三周左右。三周内是不能洗澡的。肛周囊肿如果做完手术后每天可以适当的清洗肛门保持伤口的清洁卫生。但是一定要做好消毒处理。