肛周脓肿在未成脓时局部可看到肛门肿硬的包块，可采用清热解毒、软坚散结的药物消除，或外用药膏；成脓时以手术治疗为主，脓肿成脓期的手术包括切开排脓，控制炎症，或找到感染病灶，把脓腔引流通畅，防止肛瘘形成。
肛周脓肿应该使用抗生素，一般都是应用，革兰氏阴性杆菌的抗生素，温水坐浴，理疗烤电。手术切脓肿切开引流是治疗的最主要的办法，诊断明确就应该切开。肛周脓肿又叫直肠肛管周围脓肿是指，直肠肛管周围的软组织或间隙发生的化脓性炎症。脓肿是急性期的表现，肛瘘是慢性期的表现。
肛周脓肿只能手术治疗，如果不及时治疗，有可能演变成肛瘘。肛周脓肿一旦治好，不再形成肛瘘。尽早手术的原因是肛门周围组织较疏松，且间隙多，故当一个间隙发生感染后常会迅速波及到其他间隙，引起多个间隙的混合感染，所以肛周脓肿应及早手术治疗。
肛周脓肿治疗有很多种治疗方法，但是需要根据病情进行治疗。可以分保守治疗和手术治疗。保守治疗是在疾病早期口服或静注消炎药的同时外敷中药，但疗效不明显。针对肛周脓肿，可以使用手术治疗，这种方法比较有效。
肛周脓肿除了手术切开引流外，口服抗生素，消炎药，保守治疗避免手术，排除脓血和腐肉，饮食多注意不吃辛辣刺激性食物和牛羊肉和海鲜，酒要先禁止饮用，多吃清淡食物，注意肛门卫生。