如果是已经形成了肛瘘，就要立即手术，因为时间长了，容易形成多个瘘管，增加手术的复杂性和痛苦。越早手术越好，因为这与医生的技术和经验有很大关系，所以要到正规的肛肠专科医院手术治疗，这样能很快得到治疗。还不复发。
可以选择在局部麻醉下将病变切除，手术当中应该选择肛周的放射状的切口，以免术后形成瘢痕。术中仔细地分离病变和包膜，避免出现残留，切口进行结节缝合。在手术以后，急性期可以口服抗炎的药物，并且注意在每次排便之后，应该及时的进行清洗和换药。
肛周囊肿早期手术能治疗。肛周囊肿多由肛腺感染经外括约肌皮下部向外扩散而成。常位于肛门或侧方皮下部，一般不大。重要症状为肛周持续跳动性疼痛，行动不便，坐卧不安，全身感染性症状不明显。病变出明显红肿。
肛周囊肿的病人在治疗上可以采取抽脓减压来帮助治疗，采取局部消毒，减轻脓腔张力，缓解疼痛，如果脓肿较为严重时，病人可以将囊肿切开，排出脓液，为进一步减少手术创伤，可采取双向等压引流手术治疗，术中采取半切割挂线，并放置引流管，可不切断肛直环而使脓腔愈合。
肛周脓肿常见症状是排便时哭吵，同时有发热和胃口差。检查肛门可见到一侧有红肿硬结和压痛，一旦化脓可自行溃破，脓液自皮肤小孔流出。有时脓肿还会穿破直肠、阴道，大阴唇和会阴等处，甚至形成经久不愈的瘘管，排便时往往在瘘口也有粪汁及气体排出。治疗方面除应用抗生素外，脓肿后要及早切开引流。所用尿布应煮沸消毒，晒干后再用。如无瘘管形成，两周到三周后能痊愈。
肛周脓肿是可以治好的，要及时到正规医院肛肠科就诊，在专科医生医嘱下采取对性治疗措施，必要时手术治疗，平时注意个人卫生，穿宽松舒适棉质内裤，饮食清淡，忌食辛辣刺激腥发食物。