治疗肛周脓肿最重要的是找到内口进行治疗，要清淡饮食，多吃蔬菜和水果，多喝水，不吃油腻辛辣刺激性食物，注意休息不吸烟喝酒刺激，不要挤压肿块。手术治疗后要好好保养。
局部切开排脓术等到形成肛瘘后则需要进行二期手术，如果脓肿的位置较深，此时就需要考虑采用局部切开排脓的方法。肛门脓肿一次性治疗手术，不仅仅适用于脓肿位置较浅者，一般经验丰富的医生，已将肛门脓肿一次性治疗手术，应用于几乎所有的肛门脓肿的治疗。
对于肛周脓肿，西医常用的是抗生素，可以通过口服或者静脉点滴来进行治疗。
对于肛周脓肿，可以在浅浅的地方涂抹，如果是在皮肤比较浅的地方，那么就可以进行手术。反之，局部脓肿不是消失，而是扩大，或者是软化，就是已经形成了脓液，可以通过切口排脓。对于小儿肛周脓肿，父母要立即送到正规的医疗机构进行正确的处理，以促进病情的好转。上述药品需要在医生的指导下服用。
可以服用相关消炎药物，进行抗感染治疗。如果肛周脓肿后期，脓肿破溃有脓流出，脓肿可能慢慢消退，这时可以用外用的中药坐浴，脓肿就慢慢消退。注意肛部卫生情况，后期还有可能形成肛瘘，可能会再次形成脓肿，或者早期形成脓肿之后，后期身体免疫力差，脓肿会再次发作。
于肛周脓肿，早期可以采取温水坐浴，使用抗生素控制感染，如果已经有脓液形成，就应该尽早到正规医院切开引流处理。要清淡饮食，多吃蔬菜和水果，多喝水，避免油腻辛辣刺激性食物，注意休息，避免烟酒刺激，不要挤压肿块。