肛瘘有很多治疗方法。常用的是传统药物疗法，传统手术方法和微创疗法。肛瘘由内外口和瘘管组成。如果肛瘘严重，可能有多个瘘管和瘘管。如果传统疗法不能发现准内，完全消除原有感染，或瘘管未完全切除，很容易复发，这是传统手术的一大缺点，肛瘘想要彻底治疗，还需要微创手术肛瘘治疗方法比较好。
肛瘘临床治疗方法可用药物治疗，肛瘘有间歇期和发作期。间歇期会完全没有症状，这时可以不用药。发作期出现流脓、红肿、疼痛等症状，如果不能马上手术，也可以采取药物治疗暂时缓解症状。
肛瘘发现即可采用手术治疗，效果较好，以免加重病情。日常要注意调节饮食，吃些清淡易消化的，蔬菜水果，尽量不抽烟喝酒咖啡辛辣刺激食品，另外尽量不要长久站立，不利于血液循环。
低位肛瘘，属于比较简单的肛瘘，最有效的治疗办法是进行手术，可以选择瘘管切除或者切除缝合术。因为肛瘘属于慢性感染性疾病，多继发于肛周脓肿，反复迁延不愈导致的。在手术以后，应该注意定期进行换药，尤其是在每次排便之后，及时进行清洗，清除创腔或者创面表面的分泌物，及时应用碘伏进行消毒。
最有效的治疗方法是进行手术，具体的分型，对于单纯性的浅表性的肛瘘，可以行切除缝合，比较深的复杂性的肛瘘，需要进行挂线疗法，手术以后需要定期进行换药。严重时需要及时就医。