应选手术治疗，内口的存在，脓肿虽然破溃或已切开引流，但原发感染源如肛窦炎、或肛腺感染依然存在，肠腔内容物还可从内口继续进入瘘管；肛门部不能静养，脓腔不易粘合：排粪、排尿时，因括约肌收缩或因炎症刺激肛门括约肌，使肛门括约肌经常处于痉挛状态。
肛瘘用中药治疗效果并不是很好。会使从外口反复流出脓液，导致污染内裤，有时还经常伴有瘙痒感。如果感冒反复发作，会导致肛门失禁，长期得不到有效治疗还会导致恶性病变，应该及时手术治疗术后，平时一定要保持肛门清洁干燥，勤换洗内裤，避免辛辣饮食。
蒜头是不可以治疗肛瘘的，对肛瘘的病人来说，是不会有什么有利的作用的，只会加重病人的病情的，会导致病人出现大便干燥的症状的，病人是不可以吃一些辛辣的东西的，其中也包括大蒜，还有一些调味品。
病人得了肛瘘，可以采用手术治疗，针对不同类型的肛瘘，应采取不同的手术方式来治疗，也可以用痔疮膏来治疗，病人要注意饮食清淡，少食刺激性食物，多喝水，多吃香蕉润肠通便。
如果不治疗，病情会加重，影响正常生活，建议到当地正规的医院检查治疗，注意保持好局部卫生，避免过紧内裤摩擦，按时坐浴和涂药，尽量不吃辛辣和肉类食品，以免便秘后加重病情。多喝菜汤，多吃水果，有助于患处康复。