脱肛治疗的方法较多，分为保守治疗和手术治疗。保守疗法可以吃点药，平时养成定时排便的习惯，避免便秘、腹泻或脱肛出血，便后立即复位，以改善局部情况，手术治疗是治疗脱肛出血的重要方法，主要是采用肛门环缩术的经腹手术可以很好的治疗脱肛。
如果脱肛继发于便秘、腹泻等疾病，就要积极治疗这些原发病，原发病治好了，脱肛多能好转。治疗期间不能蹲位排便，要立位、侧卧位或仰卧位排便，小婴儿可直着腿把屎把尿，大孩子可坐高盆排便，就是把便盆放在高椅子上拉屎。如能坚持1~2个月，多数脱肛可以治好，如改变排便方法后脱肛未愈则可行手法复位，用纱布折成厚垫，压住肛门，用粘膏将两臀拉紧粘牢，令小儿卧床1~2周，坚持卧位排便，多可治好。
一般肛门的脱出都需要进行外科的手术治疗为好，如果不明显可以先口服点中成药试试，一般效果不明显。可以到正规医院的肛肠科就诊，给予肛门直肠的查体，确定是否有直肠脱垂等问题，根据检查结果确定类型和程度，给予保守治疗或者手术治疗。
初期的脱肛病人可进行提肛锻炼、饮食调节、避免大便干燥等来缓解症状，若脱肛症状严重应及时就诊手术治疗，常用的手术方法有经腹部手术、经会阴部手术、腹部及会阴部同时手术等方式，年纪较长者可以采用局部经肛门手术来治疗。
脱肛指肛管、直肠，甚至乙状结肠下端向下移位。只有粘膜脱出称不完全脱垂；直肠全层脱出称完全脱垂。如脱出部分在肛管直肠内称为脱垂或内套叠；脱出肛门外称外脱垂。直肠脱垂常见于儿童及老年，在儿童，直肠脱垂是一种自限性疾病，可在5岁前自愈，故以非手术治疗为主。