主要的治疗方案是手术，手术是在脓肿波动最明显处进行切开引流，将脓肿内的脓液放出，然后再换药使脓腔慢慢闭合。肛周脓肿的药物治疗，不能解除肛周脓肿的根本问题，即便缩小以后还可能多次复发。
平素要多吃含纤维多的食物，如红薯、芹菜、茄子、香蕉、玉米等。多吃新鲜的蔬菜和水果，多喝水，多吃一些通便的食物，不要吃海鲜，辛辣刺激的食物，也要忌烟忌酒，注意术后伤口愈合。
肛周脓肿手术后放引流条的时间，主要还是根据肛周脓肿脓液的多少有关系，如果是手术以后很快就没有脓液了，就可以早期就可以去掉的，但是如果有脓液，还是需要多保留一段时间的，否则里面的脓液是排不出来的，所以主要还是根据病人病情以及恢复情况来决定的，在进行完手术之后。要注意术后的护理，因为护理不当很容易造成感染到时候伤口的恢复会更加的难以进行。
表浅脓肿可选择口服抗生素来治疗。切开排脓属于暂时性应急处理。可排出脓液，迅速减轻症状，但不能代替手术，一般约需3个月左右，待瘘管形成，内口明确，再行手术。平时注意饮食清淡，忌食辛辣刺激性食物，多吃新鲜蔬菜水果，多喝水。
表浅脓肿可选择口服抗生素来治疗。切开排脓属于暂时性应急处理。可排出脓液，迅速减轻症状，但不能代替手术，一般约需3个月左右，待瘘管形成，内口明确，再行手术。平时注意饮食清淡，忌食辛辣刺激性食物，多吃新鲜蔬菜水果，多喝水。