分为手术疗法和非手术疗法。前者是对肛乳头瘤进行去除，配合中医灌肠。手术治疗是从病院着手的。后者是对应比较轻的方法，采取药物内服外抹，配合坐浴法。去正规医院专科根据检查结果选择性治疗。
肛乳头瘤是要通过手术切除的方式来消除的，这样会比较彻底，要积极的治疗，以免耽误病情，增加治疗的难度。饮食要注意清淡为主，不要吃辛辣刺激的食物，对于控制病情也是有帮助的。
肛乳头瘤可以到肛肠科检查明确，肛门清洁卫生，必要时手术治疗。忌辛辣刺激，饮食清淡，避免便秘，注意肛门清洁卫生，可以应用药物，必要时肛肠科手术治疗。也可以外用涂抹消炎药物，多注意观察。
肛乳头瘤医治疗以消炎，祛除痔疮为主。肛乳头瘤是指肛乳头因粪便和慢性炎症的长期刺激增大变硬，是肛门直肠常见的良性肿瘤之一。起病隐匿，病性进展缓慢，为良性肿瘤，治疗愈后效果好。
一般来说，肛乳头瘤症的症状如下：
肛乳头瘤，是肛门周围良性疾病，其症状有：一是肛门异物，用手挤压异物时，无疼痛无出血，边界清楚，质地较软，表面光滑。二是肛乳头瘤的基底部牢固，蒂较长，常突出肛门口，进行肛门镜检查时很容易就发现了。
建议术后注意不要对肛门造成刺激，避免出现肛门痉挛，导致肛乳头瘤再次复发，还要做好伤口周围的卫生护理措施，避免伤口感染，出现伤口肿胀的现象。
肛乳头瘤手术比起传统手术来说，优势在于手术伤口比较小，而传统手术的伤口要大一些的，但手术会比较彻底一般不会出现复发的。而肛乳头瘤微创手术虽说伤口小，但就怕手术不干净后，复发的几率会高一些的。后遗症的产生情况要看个人的总体体质，如果在手术时有很好的耐受力来接受整个治疗，也未必一定会产生后遗症，所以在手术期间增强自身体质与免疫力就显得尤为重要。