一旦确诊肛瘘，没有保守的治疗方法，所谓的药物治疗，仅仅是能缓解肛瘘的症状并不能达到根治的目的。所以只有手术才能治愈肛瘘，少数肛瘘可行瘘道切除术后一期缝合或游离植皮。
有内、外口的低位单纯性肛瘘、高位单纯性肛瘘或作为复杂性肛瘘切开、复杂肛瘘切除术的辅助治疗。挂线疗法是复杂性肛瘘手术中最常用、最普遍的方法。挂线是利用橡皮筋或有腐蚀作用的药线的机械性压迫作用，缓慢切开肛瘘的方法。挂线既可松驰挂线作标志和促进纤维化作用，达到短期和长期引流的治疗目的。也可以逐步紧线以达到缓慢切割括约肌的目的。而药线的作用主要是抗菌，抗炎和促进肛瘘的愈合。
挂线疗法是利用橡皮筋或者有腐蚀作用的药线的机械性压迫作用，缓慢切开肛瘘的一种方法。一般适用于肛瘘距肛门三到五公分内，有内外口的低位或者高位单纯性肛瘘，或作为复杂性肛瘘切开、切除的一种辅助治疗。最大优点是不会造成肛门失禁，被结扎的肌组织发生血运障碍，逐渐坏死、断开，但因为炎症反应引起的纤维化，使切断的肌与周围组织粘连，肌不会收缩过多且逐渐愈合，从而可防止被切断的肛管直肠环回缩，引起的肛门失禁。
肛瘘挂线疗法指的是利用橡皮筋等的机械性压迫作用，缓慢切开肛瘘的一种手术方式。此方式很大的作用在于不会造成肛门失禁，且可以有效的引流瘘管。此手术方式操作简单，出血少，无需术后换药。
利用丝线或橡皮筋紧缚，以机械压力或收缩力，钝性缓慢剖开管道，用以治疗肛瘘的一种方法，该疗法简便、经济、不影响肛门功能，具有瘢痕小，引流畅通等优点。麻醉方式采取腰骶麻醉、局部麻醉或全麻。适用于瘘管超过肛直环的高位肛瘘，临床上能明显触及索条状的管壁，无分支。