直肠炎的治疗有灌肠，对于粪便硬块嵌顿导致的直肠炎应采取灌肠，解除粪便压迫。由于引发直肠炎的病因较复杂，治疗原则应根据引发直肠炎的病因及疾病采取相应的治疗措施。可以通过粪便、涂片或活检组织进行细菌、真菌和病毒检测；相关抗体及毒素测定。要注意休息和饮食。
首先患者可以使用氨基水杨酸类制剂控制炎症反应，处于急性发作期的患者可以使用糖皮质激素治疗。
当使用氨基水杨酸类药物时，如果不能有效的话，可以选择免疫抑制剂。还有就是要纠正体内的水电解质失调，如果是贫血，可以用输血来进行治疗，如果是低蛋白血症，可以适当的补充白蛋白。如果出现腹痛、腹泻等症状，可以口服抗胆碱能药物、止泻药物。
通常情况下，肠炎治疗方法有很多，如下所示：
肠道炎症一般是因为细菌传染所致。所以在处理上应先做大便常规，确定病因，然后再选用适当的药物来杀死病菌。同时还要注意对症的处理，如果是因为肠道炎症导致的痢疾，可以服用蒙脱石散。长期腹泻后会有严重的脱水，电解质失调等情况，要到正规的医疗机构进行补液，可以通过服用生理盐水来改善。
肠炎通常是由于细菌感染引起的。因此在治疗上，首先病人进行便常规检查，明确病原菌，从而选择合适的药物，杀灭细菌才能彻底治愈肠炎。另外要病人需要积极对症治疗，如果肠炎引起腹泻的症状，需要别的药物来治疗腹泻。
病情较轻者，可照常进食，多喝开水。病情较重者，应服用特别为腹泻而设的口服电解糖液。饮食应尽早给予易于消化、吸收和营养均衡的食品。注意保持孩子臀部皮肤清洁干爽，常更换尿片，大小便后用清水清洁和轻轻抹干臀部。
急性呕吐，反复发作，多是急性胃肠炎的早期表现，易导致婴儿出现脱水。呕吐时，先暂停喂水或其他食物，1-2小时后再试图少量喂水。若仍呕吐，还可再暂停1-2小时。此间观察孩子口内及舌面是否发干，尿量是否少。若口内及舌面发干，4小时内无尿或极少，甚至继续呕吐，应给予静脉补液。