任由肛瘘发展，会对括约肌造成严重损伤，甚至可能造成肛门失禁等并发症。肛瘘的多发会形成直肠阴道瘘、直肠尿道瘘和直肠膀胱瘘，危及周围脏器，并且多年未治或误治的老肛瘘有癌变的可能。肛瘘的多次反复发作，脓液可穿破管壁顺括约肌间隙蔓延而成多发性、复杂性肛瘘，不但给治疗带来困难，而且也影响到肛门的生理功能。
肛周脓肿不会自愈，应该考虑需要手术治疗，如果不积极治疗，肛周脓肿破溃后会形成肛瘘，这种症状也需要手术治疗。确诊肛周脓肿后，积极手术治疗，需要应用抗生素药物，手术后积极的换药，大部分都能一期愈合，保持肛门清洁。
有。可导致贫血、皮肤湿疹、肛门功能失常、败血症、毒血症、脓毒血症、植物神经紊乱等并发症，还可以引发妇科炎症等妇科疾病，导致阳痿、早泄、遗精等性功能障碍，甚至诱发直肠癌。
引起肛门失禁：肛周脓肿不可小视，因为它会引起肛瘘，而如果不及时的治疗，便会对括约肌造成严重损伤，如此一来就可能造成肛门失禁以及其他的严重并发症出现。出现流脓症状：肛周脓肿一旦形成肛瘘，那么就会引起肛瘘发炎，除了会出现肛门剧烈疼痛的情况，破溃后还会出现流脓，并且脓水会污染到内裤，浓汁刺激到局部的皮肤，肛门瘙痒变得更为剧烈。
对工作学习的影响：肛周脓肿发作时局部持续性的剧痛常使人坐立难安，严重干扰正常工作和学习。脓肿破溃后会造成脓水外溢，污染内裤，造成局部不适感。发展变化至更严重，少数病例会发展为肛周坏死性筋膜炎，这是一种严重的急性肛周皮下筋膜层的感染，发展迅速，可导致感染中毒性休克甚至危及生命，病死率为20%至50%。
