可能是由于肛管处感染、外伤或刺激所致病变，如慢性肠道炎症的刺激、习惯性便秘者大便在直肠内积存时间过久或是大便干燥硬结。或者是因为排便过程中造成损伤而继发细菌感染等。
中医认为肛乳头瘤是由于肛管处感染、或者是因为外伤或刺激所致病变，也有可能是因为慢性肠道炎症的刺激、或者是因为习惯性便秘者大便在直肠内积存时间过久或是大便干燥硬结。如果有这些情况，排便过程中造成损伤而继发细菌感染等。就会造成，部分肛管直肠外胚层及皮下组织的增生可导致肛乳头瘤在数目、形态及大小存在个体差异。形成肛乳头瘤。
肛乳头瘤可能是以下原因引起的：
肛乳头瘤的主要病因是由于肛管处受到外伤、慢性炎症刺激易出现感染。肛门部卫生差、便秘、久坐都会引起肛乳头瘤的发生。如果身体有任何不适，需要及时到医院进行检查，明确病因进行针对治疗。
日常生活中，需要注意乳房的清洁和卫生，每天用温水清洗乳房和乳头处，避免细菌或真菌感染。还需要穿着宽松透气的内衣。
瘤内细胞和间质的排列与正常组织相同，有外膜包绕，生长缓慢，切除后不常复发。肛乳头随着逐渐增大，时有随排便脱出肛门，由于反复脱出，刺激肛管，使分泌物增多。故临床上除肛乳头瘤脱出外，时有便后出血，排便不净的感觉，肛门瘙痒，为主要表现。
肛乳头瘤非常常见，多见于长期大便干燥或者是长期腹泻导致的肛乳头慢性增生导致的，一般没有什么症状，在肛乳头增生明显的时候会出现大便时候脱到肛门外面或者对排便造成一定的影响。多是属于良性病变。明确以后尽早手术治疗就可以。
引起原因有下面几种：由于肛管处感染、外伤或刺激所致病变，如慢性肠道炎症的刺激、习惯性便秘者大便在直肠内积存时间过久或是大便干燥硬结。排便过程中造成损伤而继发细菌感染等。由于部分肛管直肠外胚层及皮下组织的增生可导致肛乳头瘤在数目、形态及大小存在个体差异。
