肛周囊肿绝大部分肛管直肠周围脓肿可获得治好。也有一些存在反复发作可能，平时保持肛门周围清洁，尽量少坐多站，避免便秘，排便要有规律。饮食上应以清淡并含较多纤维素的食物为宜，食用有清热解毒的食品，能缓解肛门局部肿痛、渗出等症状。
肛门脓肿破溃后叫肛瘘，需要手术治疗。治疗时期以18岁以后。手术之前清洗肛门为主，不要太担心。因为没经验的医生手术后可能会引起肛门失禁。这种疾病药物治疗效果不好，手术治疗比较彻底，选择肛肠专科，专业医生进行肛门脓肿或肛瘘治疗。
通常肛周的脓肿疾病属于肛门传染性的直肠性化脓疾病，该病在临床上属于肛肠科的急重性的疾病，所以需要病人及时进行治疗，通常大部分病人接受了正规的治疗后，病症都可以得到改善。如果药物进行治疗不理想的病人，只能采取手术进行治疗，目前该手术治疗只属于小型的手术。
肛周囊肿可以通过治疗恢复正常，需要采取手术治疗，否则久治不愈会导致肛瘘的发生，忌食腥、辣、刺激性食物，多吃含纤维多的食物，如红薯、芹菜、茄子、香蕉、玉米等，防止便秘。
周脓肿会继发为肛瘘，长时间未治或误治有癌变可能，而且肛周脓肿不同于身体其他部位的感染，一旦发生，就无自愈和药物可能，只有手术切开或自溃才能解决。保守治疗仅能缓解症状，必须手术彻底治疗肛周脓肿。
