尽早进行手术治疗，可以考虑做微创，门诊治疗，治疗后可以正常工作、活动，痛苦小，费用低，饮食方面避免辛辣就可以。属慢性复杂性肛瘘、结核性肛瘘的病人，手术后宜多食既易消化而又富有营养的食品，尤其是含丰富蛋白质的食物，如鸡、鸭、牛肉、鸡蛋、牛奶、豆浆等。
要养成良好的习惯，每日排便后坐浴保持肛门清洁，对预防感染有积极作用。当感觉肛门灼热不适，以及肛门下坠者：要及时查清原因，及时治疗。建立正常的膳食习惯，因肛瘘的发生与湿热有关，对于油腻饮食，可以内生湿热，所以不宜多吃，应多吃清淡含丰富维生素的食物，如绿豆，萝卜，冬瓜等新鲜蔬菜，水果，对经久不愈的肛瘘多为虚证，饮食上多吃含蛋白质类食品，如瘦肉，牛肉，蘑菇等。
因为大便干结容易擦伤肛窦，再加上细菌侵入而感染，腹泻者多半有直肠炎和肛窦炎的存在，可使炎症进一步发展。大便干燥硬结，在排便时易擦伤肛隐窝引起肛周感染，腹泻日久，也可刺激肛隐窝发炎，稀便也易进入肛隐窝，诱发肛周感染，因此防治便秘和腹泻对预防肛周脓肿和肛瘘形成有重要意义。
肛屡病人，最大的问题是大便从瘘管中流出或瘘管感染，所以应该尽量保持大便通畅。因此饮食上以易消化，润肠通便的食物为主，尽量少食辛辣食物，更不能饮酒，保持大便通畅柔软。每次大便后用清水清洗外阴及肛门，每晚用水清洗保持肛门及阴部清洁，每次清洗后可以用吹风机吹干外阴。如果准备手术，应该按照医生的嘱咐做好术前准备。
肛瘘的病人应注意肛门部清洁卫生极为重要，应经常用温水泡洗肛门，最少每晚要洗一次。一则可保持局部清洁。二则可改善肛门部血液循环，增强抵抗力，减轻炎症反应。一般可用温盐水进行相关的肛痿的护理。肛痿发炎化脓时，如外口闭塞，可用消毒的针头挑破外口，排出脓液，既可减轻胀痛，又可预防脓液向其他部位蔓延。同时可用清热解毒的中药煎汤外洗。