一般情况下，肛周脓肿患者初期，可出现肛门不舒服、胀痛或疼痛等症状，特别是排便后，患者还可出现烦躁、还不规则低热等症状，这是因为肛周脓肿多由肛腺反复感染引起，常见于免疫力低下或患有糖尿病的人。正常情况下，肛周脓肿都比较容易治愈，但如果治疗不彻底的话就可能出现复发问题。因此，建议肛周脓肿的患者应及时就诊，在医生指导下进行治疗。以免影响身体健康。
肛周脓肿较难，该病为肛周特殊部位感染，即肛门部肛腺感染，沿皮肤和黏膜间隙潜行扩散，故有别于体表疖、痈感染。因皮肤和黏膜比较牢固，不易突破，故局部或全身用药很难控制，微小肛周感染，可通过局部坐浴，口服消炎药。
抽脓减压局部消毒，可暂时减轻脓腔张力，缓解疼痛，适用于临时应急处理，但不能代替手术。切开排脓属于暂时性应急处理。可排出脓液，迅速减轻症状，但不能代替治疗术，一般约需3个月左右，待瘘管形成，内口明确，再行治疗术。为进一步减少手术创伤，可采取双向等压引流手术治疗，术中采取半切割挂线，并放置引流管，可不切断肛直环而使脓腔愈合。
肛周脓肿多数在腹泻后发生，反复排便，肛管水肿，损伤，细菌会从损伤的粘膜处附着定植生长，炎症向肛管外延伸，组织水肿坏死，形成脓肿。初期症状就是肛门胀痛，排便时疼痛加重，咳嗽、打喷嚏、用力时、坐位、骑自行车挤压时肛门疼痛加重，有的出现排尿困难，脓肿较大会出现寒战、发热，大部分以肛门局部胀痛表现为主。糖尿病、免疫力低下、嗜酒辛辣饮食和经常腹泻的人容易出现肛周脓肿。
婴儿肛周脓肿初期症状主要是哭闹，接触肛门或排便时哭闹加重。随着脓肿形成，可以见到肛周红色肿块，起初肿块质硬，逐渐肿块中间变软破溃溢脓，形成肛瘘，这时患儿哭闹减少，破溃口会反复溢脓。婴儿肛周脓肿大多发生于腹泻患儿，形成脓肿时间较短，2-3天可以见到肿块。
肛周脓肿的病人早期会表现为肛门不适，发胀或者有疼痛的表现，尤其是在排便以后，病人也会表现为坐立不安，也会有不规则的低热，因为肛周脓肿的发生原因，主要是由于肛腺的反复感染所导致的，也可以见于免疫力低下或者有糖尿病患者。