治肛周囊肿大约需要7-10天的时间。多数需要手术切开脓肿，充分引流脓液，防止其不断扩散，以减轻疼痛等症状。伴有肛瘘的肛管直肠周围脓肿，要治疗必须先处理肛瘘，局部可用中药的溶液坐浴，使会阴保持清洁。同时应用抗生素控制感染。
肛周脓肿是手术治疗。肛周脓肿是因为肛腺感染引起的急性化脓性疾病，如果不治疗会越来越严重，破坏后会形成肛瘘。总之，需要手术治疗。及时去手术处理的，不然以后变成复杂性就比较麻烦了。平时主要不要熬夜上火，保持大便通畅，不要辛辣煎炸油腻饮食。
肛周囊肿最多见的就是皮脂腺囊肿，或者是浅表的感染之后继发的囊肿，会有明显的肿物，或者病人出现排便异常，甚至排便不成形，排便困难；反复的刺激也会导致大便带血，进而影响到病人的生活或者工作。
肛门囊肿是因为有久坐的情况引起的血液循环不好，便秘，经常吃辛辣刺激的东西引起的炎症反复刺激造成的，可以选择手术治疗的，平时注意多饮水，多吃水果、蔬菜，不要吃辛辣刺激的东西，久坐后多运动。
治疗肛周囊肿非手术治疗有抗生素应用、温水坐浴、局部理疗、口服药剂对症止痛等。好的治疗就是手术，则需去除过敏原，必要时加用抗过敏药物口服。注意卫生，勤换内裤，便后清洁肛门，预防感染。