肠炎通常会用一些方法减轻直肠黏膜水肿，口服一些药物，改变肠道的菌群，给予一些益生菌药物。医院肛肠科有些病人，采用把弥散的He-Ne激光导到直肠腔里，做黏膜照射也能够起到很好的治疗作用。
少吃辛辣刺激性的食物，保持规律的生活习惯和饮食习惯。注意保持心情的舒畅。直肠炎是可以治疗的，一般是使用中药保留进行观察，或者是使用复方黄柏叶进行灌肠，然后使用麝香痔疮膏和普济栓赛高，同时尽量避免疲劳熬夜。
直肠炎的治疗包括饮食治疗，腹泻期要注意补充营养，适当减少饮食中纤维素成分，以易消化富含叶酸、铁、钙、镁、锌等微量元素的流质饮食为宜。心理治疗，做好思想工作，尽量全身放松。
直肠炎平时注意腹部保暖，避免受凉。要饮食有规律，一日三餐做到定时定量，不过分饥饿、不暴饮暴食，这样有利于肠道消化平衡，避免因无节制饮食而，致肠道功能紊乱。治疗主要通过适当休息，进食清淡、营养丰富、刺激性少的食物，并得心情愉快，劳逸结合。
直肠炎的治疗原则有以下几点：中药治疗，应以健脾补肾，益气除湿为治本之法，清热解毒，活血化瘀为治标之用，辨证施治。西药治疗，根据病人炎症明显时可短期使用抗生素配合其他的药物调节肠道功能，需要在医生的指导下进行心理治疗。心理治疗，该病多伴有焦虑，抑郁，紧张，多疑等精神心理改变。