肛瘘的治疗包括药物治疗和手术治疗。药物治疗只适用于肛瘘围手术期的调理；手术治疗原则为保护肛门功能，处理内口。肛瘘位于内外括约肌附近，所以治疗中应强调弄清内口的部位与外括约肌深部的关系，以避免损伤括约肌而致肛门失禁。
肛瘘是最为常见的肛肠科疾病之一，表现为反复的红肿疼痛。肛门附近有渗出，对病人的健康造成很大的影响，多见于肛周脓肿后。可以到肛肠科就诊，诊断明确以后需要及早手术，平时多吃蔬菜水果，补充维生素，多运动，粗粮保持大便的软化，不能抽烟喝酒。
出现肛瘘要及时治疗。药物治疗是很重要的方面，比如使用洗剂坐浴或者外涂药膏进行治疗。另外可以使用中药治疗，内服之后会起到较好的疗效。除此之外手术治疗也是重要的方面，比如对于肛瘘发作期合并感染的病人可以切开引流治疗。
手术治疗效果比较明显，主要症状是反复自外口溢出脓性，血性，粘液性分泌物。肛瘘不能自愈，只有手术切开或切除。手术尽可能减少肛门括约肌损伤，以防肛门失禁，应该保持会阴部清洁，经常换洗内裤，饮食上避免吃辛辣刺激的食物。
病人得了肛瘘，可以采用手术治疗，针对不同类型的肛瘘，应采取不同的手术方式来治疗，也可以用痔疮膏来治疗，病人要注意饮食清淡，少食刺激性食物，多喝水，多吃香蕉润肠通便。