宝宝肠炎主要有细菌性感染、全身感染、饮食不当导致。
宝宝食用不洁的食物容易感染细菌，引起肠炎。如赤痢菌、大肠病原菌、葡萄球菌、沙门氏菌等会引起细菌性腹泻。滤过病毒也是小儿麻痹病毒等婴幼儿肠炎的主要原因。流行性肝炎病毒及其它不明病毒也会引起肠炎，并引起腹泻。其次，儿童全身抵抗力较弱，一旦患上中耳炎、肺炎、肾盂炎等疾病，就会出现肠炎、腹泻等症状。饮食不当会影响宝宝的肠道健康，导致肠炎。饮食不干净，或者吃得太油腻，或者喝太浓的牛奶、脂肪、淀粉等食物，都会导致消化不良，导致肠炎，腹泻等症状。部分抗生素会刺激肠道，引起肠炎，腹泻。
直肠炎肠道发生炎症的原因，平常一定要注意生活习惯就可以的。可以使用中医的中药治疗，效果是比较好的，比如使用中医面在肚脐处外敷治疗。另外，高脂肪、高蛋白、低纤维素的饮食与直肠炎发病有关。
宝宝反复肠炎多与年龄、饮食有关。
主要是因为宝宝还太小，消化系统还不完善，需要逐渐增强，同时还要注意宝宝的饮食，避免吃凉的食物，注意保暖。这个时候除了要注意营养均衡外，还要吃一些促进消化的药物，同时还要注意减少对肠的各种刺激，包括饮食方面的禁忌以及食物的卫生。做好护理，一般能够缓解症状，保护患者的身体健康。
直肠炎大多数是因为体质不好抵抗力差，胃肠道疾病，呼吸道感染后，出现便秘、腹泻、痔疮、肛管直肠脱垂、肛瘘、肛门直肠狭窄、直肠损伤、异物等，导致的直肠发炎。另外饮食不洁、过度饮酒、食用刺激性食物，细菌感染等因素都可以引起直肠炎。
直肠炎可由于多种因素而导致发病，如直肠损伤、病原菌入侵、寄生虫、毒素等原因而诱发的直肠粘膜炎症反应。直肠炎是常见的胃肠疾病，其病因和不健康饮食、身体免疫等有关，在医生指导下用药，建议在配合临床治疗的同时，平时饮食上按时就餐，戒吃辛辣、油炸、烟熏食物如烧烤等，不吃过酸、过冷等刺激强烈的食物，不饮酒，少饮浓茶、咖啡等，多吃素菜和粗纤维食物。不要吃油腻食物。多吃一些清淡食物。两方面配合治疗比较好。