肛周脓肿只能手术治疗，如果不及时治疗，有可能演变成肛瘘。肛周脓肿一旦治好，不再形成肛瘘。尽早手术的原因是肛门周围组织较疏松，且间隙多，故当一个间隙发生感染后常会迅速波及到其他间隙，引起多个间隙的混合感染，所以肛周脓肿应及早手术治疗。
治疗肛周脓肿的方法有手术，且越早越好。肛周及会阴部可见片状黑色病变，皮下可触及捻发音，严重的大片皮肤及筋膜进行性坏死，波及阴囊、大阴唇，有的到达直肠下段、下腹部、后腰部，面积广，蔓延速度快。
对于肛周脓肿，西医常用的是抗生素，可以通过口服或者静脉点滴来进行治疗。
对于肛周脓肿，可以在浅浅的地方涂抹，如果是在皮肤比较浅的地方，那么就可以进行手术。反之，局部脓肿不是消失，而是扩大，或者是软化，就是已经形成了脓液，可以通过切口排脓。对于小儿肛周脓肿，父母要立即送到正规的医疗机构进行正确的处理，以促进病情的好转。上述药品需要在医生的指导下服用。
婴儿肛周脓肿的治疗方式如下：
小儿肛周脓肿的治疗要看病情的严重程度，进行针对性治疗。首先，可以用抗生素来控制感染，在家里用温水坐浴。如果形成脓肿，需要切开引流。开始会出现皮肤红肿硬结，然后会变软，会有波动感，还有一些孩子会出现高烧、呕吐等症状。肛周感染是由肛周软组织引起的急性化脓性感染导致的，这是一种很特殊的疾病，一般是由肛门部位的皮炎、疖肿、粗糙的尿布划破肛周组织，或者是感染引起的周围脓肿。
抽脓减压局部消毒，可暂时减轻脓腔张力，缓解疼痛，适用于临时应急处理，但不能代替手术。切开排脓属于暂时性应急处理。可排出脓液，迅速减轻症状，但不能代替治疗术，一般约需3个月左右，待瘘管形成，内口明确，再行治疗术。为进一步减少手术创伤，可采取双向等压引流手术治疗，术中采取半切割挂线，并放置引流管，可不切断肛直环而使脓腔愈合。