肛瘘发病初期流脓较多，色黄而稠，粪臭味重。久之，脓液逐渐减少，时有时无，稀淡如水，如果过于疲劳，则脓液增多，可有粪便流出。有时瘘管外口可暂时封闭，但不久病人又会出现发烧、局部肿痛，封闭的外口可再度穿破，待脓液流出后症状才逐渐消失。
典型症状：反复自外口流出少量脓液，污染内裤；有时脓液刺激肛周皮肤，有瘙痒感。若外口暂时封闭，脓液积存，局部呈红肿，则有胀痛，封闭的外口可再穿破，或在附近穿破形成另一新外口，如此反复发作，可形成多个外口，相互沟通。如瘘管引流通畅，则局部无疼痛，仅有轻微发胀不适。
肛瘘初期的症状特征有流脓，周期性发作，时有时无，脓液较少。肿痛一般不疼，当脓液积存于管腔内引流不畅时，局部胀痛，当脓液流出后疼痛马上减轻。肿块可在肛缘触及索条状硬块，按压轻度疼痛。瘙痒脓液经常刺激瘘口周围皮肤，致肛门皮肤瘙痒或湿疹。
流脓在所有人的肛门周围可见一肛瘘外口，周期性流脓，时有时无，有时按压周围可见有脓液从外口流出，当发作时通常会伴有肛门周围潮湿及瘙痒感。有的时候还会有疼痛的现象。
肛瘘初期常见的症状为疼痛，流脓等。肛瘘是直肠周围的肉芽肿性管道，分为内口，外口，瘘管三部分。肛瘘手术后建议饮食以清淡为主，多吃富含维生素和水分的新鲜蔬菜或水果，有利于肛瘘切口的愈合。同时，在排便后仔细清洁肛门，可用湿纸巾擦拭或用温水冲洗。不要吃辛辣刺激食物和油腻食物，多补充水分，保持大便通畅，以免大便干燥造成伤口破裂。
肛瘘是肛门直肠周围常见的慢性感染性疾病，肛瘘由位于皮肤的外口，与直肠相连的内口，以及连接于内外口之间的瘘管组成。肛瘘通常继发于肛周脓肿切开引流手术后，或者肛周脓肿自行破溃之后。肛瘘初期是在肛门外口附近的皮肤，逐渐形成和出现一个或者多个迁延不愈的瘘口，反复排出含有致肠内容物的分泌物，一旦瘘口堵塞，可以再次发生肛周脓肿。