肛瘘门诊手术，保守用药无效。肛瘘分低位，高位，是否复杂，多个窦道等，术后部分有一定的复发机率，低位的，单一的肛瘘，可以治疗，术后随便换药，都不会复发，复发机率高的多见于复杂性瘘管，不是直线，是曲线或折线的窦道，或多个病理性窦道。或高位，创面大，术后换药引流不彻底，易复发。
低位肛瘘指的是瘘管位置不穿过30%外括约肌的肛瘘，基本上是在肛周皮下的一些瘘管。除此之外，低位肛瘘还与肛门控便功能有关，很少引起肛门控便功能障碍的瘘管叫做低位肛瘘。
肛瘘是需要医治，不治是不会自己好的，一般可以通过手术医治，在饮食方面要清淡，主要吃流食和易消化食物、可以多吃青菜和水果，平时还要注意局部卫生，多用清水清洗，还要多注意休息。
肛瘘是肛门直肠周围脓肿的后遗疾患，脓肿破溃或切开后不能愈合，最终形成瘘管，肛瘘只能够通过手术切除瘘管、内口，到目前为止还不能以非手术的方法。其手术的原则是彻底切除瘘管、正确处理内口。
肛瘘是不能针灸治疗的。肛瘘是由于肛周脓肿造成的窦道，由于与外界相通，大便时会有粪便进入窦道，长期感染，经久不愈，是一种器质性病变。可以在痿官内塞药纸进行治疗。