肛周脓肿的治疗应根据不同情况选取不同的方法，中药治疗方法包括：在未成脓阶段，以消为主，通过清热解毒、软坚散结的药物使脓肿尽快消散；在成脓阶段，通过托的方法，包括补托法、透托法，使脓液尽早排出、排净，达到目的；在后期阶段，以补为主，通过补益气血，促进局部生肌长肉，尽早愈合。
肛周脓肿术后可以正常排便的，肛周脓肿手术一般会造成肛门周围的组织受损，但是不影响正常排便，大便一定要定时解掉，不然引起便秘会更加难处理，大便后用清水洗一下肛门周围，保证肛门的卫生，平时饮食要注意保持清淡，主要以流质食物为主。
肛周脓肿的保守治疗还包括进行中药熏洗，比如苦参汤或者五倍子汤，起到清热利湿、消肿的作用。如果肛周脓肿经过保守治疗无效，则应当及时地行手术切除，可以行肛周脓肿切开引流。
肛周脓肿一般是由于肛窦炎造成的，需要注意辛辣刺激的，注意此处的清洁卫生，要输液消炎控制炎症以免加重病情，以免需要手术治疗，多吃富含膳食纤维的食品，多吃水果蔬菜，避免便秘，养成规律的排便习惯；生活作息也应规律，不要熬夜等。
目前治疗肛周脓肿比较好的治疗方法，是手术治疗配合抗炎药物，二者缺一不可，因为单用抗炎药物治疗，效果差，不能治好，而单纯的手术治疗，愈合比较慢，所以要把二者结合在一起才能快速治好肛周脓肿。
