直肠炎的治疗方法包括：一般治疗：适当休息，进清淡、少渣、营养丰富、无刺激性的食物，并做到心情愉快，劳逸结合；药物治疗：药物包括美沙拉嗪、康复新等，修复肠黏膜，缓解出血症状；穴位埋线：可长期刺激穴位，促进血液循环，加快炎症吸收，加速溃疡愈合。那么建议还是要去医院先做一下肠镜检查再进行治疗。
中药理气舒肠方治疗：应以健脾补肾、益气除湿为治本之法，清热解毒，活血化瘀为治标之用，辨证施治，最忌长期应用大苦大寒之剂，亦可配合中药针如麦注射液等，静滴以扶正。
治疗直肠炎使用的药物大都是一些西药抗生素，这种药物治标不治本，而且长期服用会有副作用。平时也应该注意基本的保健，一日三餐做到定时定量，不过分饥饿、不暴饮暴食，这样有利于肠道消化平衡。
一般治疗有活动期病变者宜卧床休息，给高热量、易消化、富营养饮食。严重病人应予补液，纠正脱水和电解质平衡失调，静脉高营养疗法或鼻饲要素饮食。也可以手术治疗，手术适应证限于肠穿孔、完全性肠梗阻、下消化道大出血、瘘管及脓肿形成，经内科治疗无效的中毒巨结肠及疑有结肠癌等。
直肠炎反复患者可以口服氧氟沙星、甲硝唑、奥硝唑等药物治疗。
直肠炎患者除了要积极配合医生治疗以外，平时要养成良好的饮食习惯，注意饮食卫生，戒烟戒酒，避免浓茶浓咖啡，不能吃辛辣刺激性食物，注意腹部保暖。治疗期间患者要注意多休息，同时坚持清淡饮食，不要吃辛辣刺激性食物，比如火锅、冰可乐等，有利于身体恢复。
