长期肛瘘不治会引起流脓流水，污染亵服，引起病菌滋生，可引发肛门湿疹、肛门瘙痒等其他肛肠疾病。肛瘘的多发性，可形成直肠阴道瘘、直肠尿道瘘和直肠膀肤瘘，危及四面脏器，并且肛瘘有恶变倾向。肛瘘一旦确诊后要及早手术治疗，一般的正规医院均可以做。
由于反复发作，脓液可穿透管壁，沿括约肌间隙扩散，形成多发复杂的肛瘘，不仅给治疗带来困难，而且影响肛门的正常生理功能。任由肛瘘发展，可对括约肌造成严重损伤，甚至可能造成肛门失禁等并发症。
肛瘘不治疗会导致肛瘘经久不能恢复，也就是外口会假性愈合等身体抵抗力下降、过度劳累或者进食辛辣、刺激的食物以后，外口可以自行破溃、流脓、渗液，并且伴有臭味等。如果肛瘘不治疗是很难自行恢复的。
肛瘘是需要采取手术才可以彻底治疗的目前采取的先进技术是为HCPT微创技术。肛瘘是肛门周围皮肤与直肠管壁之间的异常通道，是由于肛窦发生感染后形成的肛周脓肿破溃了，导致肛瘘的发生。由于直肠内粪便、体液、细菌等不断由直肠内口进入瘘管，导致瘘管反复不能愈合。
低位肛瘘常常只有一个外口，如果瘘管的位置表浅，可以在皮下摸到一条硬的索条，自外口通向肛管。高位的肛瘘位置较深，不容易摸到，外口有多个。有时脓液刺激的皮肤有瘙痒的感觉。如果外口暂时封闭、溶液积存局部呈红、肿并有胀痛。
低位肛瘘常常只有一个外口，如果瘘管的位置表浅，可以在皮下摸到一条硬的索条，自外口通向肛管。高位的肛瘘位置较深，不容易摸到，外口有多个。有时脓液刺激的皮肤有瘙痒的感觉。如果外口暂时封闭、溶液积存局部呈红、肿并有胀痛。