子宫内膜薄的原因有内分泌严重失调，失调就会导致体内激素失衡，使子宫内膜周期性变化紊乱，导致子宫内膜薄。多次药流，或者人流动作过重都可能引起子宫内膜薄。子宫发育畸形也是子宫内膜薄的一个原因，有的子宫造影已经不是倒梨形了，甚至是细长条，这种因先天性畸形造成的子宫内膜薄很难治疗。
子宫内膜薄的造成多由于女性雌激素分泌不足、女性频繁多次进行人流手术、子宫发育不良以及女性严重营养不良等所致。子宫内膜薄的女性常伴有月经不调、内分泌失调、白带异常、腹痛等症状。由于子宫是受精卵的着床基地，子宫内膜过于薄，会影响受精卵的发育，使得其难以着床，所以影响怀孕结果。
导致子宫内膜薄最常见的原因是手术造成的宫腔粘连，内膜的损伤在修复过程中会导致内膜之间形成纤维性的连接，90%以上的宫腔粘连是流产后刮宫的结果，表现为月经量少以及胚胎种植失败，也会导致复发性流产、早产、胎盘粘连等，同样，各种宫腔内操作包括电切及子宫整形术如纵膈、双角子宫等术后均可能造成宫腔粘连，导致子宫内膜变薄。
子宫内膜薄，主要是卵巢功能不好引起的。卵巢主要是分泌体内的各种性激素。内膜主要是靠卵巢分泌的雌性激素来增长。一般需要调理3到6个周期，平时营养丰富，饮食搭配合理忌吃辛辣油腻食物。
人工流产：病因的不同医生所要采取的治疗方式也会有所不同，内膜薄很容易导致人不孕不育，需要人去医院里面做检查来治疗，内膜薄太薄意味着受精卵不能够在女性的卵巢里面着床，所以会不孕不育。
如雌激素水平偏低，孕激素不足，排卵障碍和生长激素缺乏等；内分泌失调会导致体内激素失衡，使子宫内膜周期性变化紊乱，造成子宫内膜薄。先天性畸形造成的子宫内膜薄，子宫内膜炎、多囊卵巢综合征，都有可能破坏子宫内膜的生长。