治疗女性排卵障碍，可以内分泌紊乱入手，对有合并有内分泌紊乱疾病的病人，还要接受内分泌紊乱的治疗，在内分泌状态相对良好的时期怀孕，可以减少流产率及孕期并发症的发生。或者加强黄体功能，部分排卵异常是由黄体功能不足所致的，也需要加强黄体功能。
排卵障碍治疗应该按照其发病原因开始入手，通常最主要讲述的是最常见的一种由于内分泌失调而导致的排卵障碍，排卵障碍也可以称之为不排卵是女性不孕临床上非常常见的原因，排卵与下丘脑、垂体以及卵巢功能有一定关系，排卵障碍不孕病患应该及时检查治疗，因此，排卵障碍的治疗主要是针对病因采取有效的治疗措施。
治疗的目的主要是建立有排卵的正常月经周期，恢复生育能力，消除多毛。一旦建立了正常的月经周期，就能受孕，卵巢也不再产生过多雄激素，多毛也随之消失。恢复正常月经周期。
排卵障碍治疗费用，需要因病情而定的，如是多囊卵巢综合症引起的排卵障碍，药物治疗费用只要1千元左右，手术治疗费用可能需要5000-10000元，如是其他原因引起的，还需要根据治疗方案来确定治疗费用的。
排卵障碍是常见的内分泌疾病，在不孕症中发病率可达25%―30%。其临床表现多种多样，如月经失调、多毛、肥胖、不孕等。由于长期不排卵，子宫内膜过度增生而无周期性孕激素的对抗作用，因而尚具有发展成为子宫内膜癌或乳腺癌的高度危险。排卵障碍的诊断：基础体温、阴道脱落细胞、宫颈粘液、子宫内膜检查、血中性激素测定、通过这些诊断出排卵障碍的病因，根据病因对症治疗。在正常的情况治疗的费用是在三千到五千之间的。
中医师认为排卵障碍也是由于肾虚所致，可兼气虚、血热、肝郁、血虚或痰阻所致。中药促排卵药物需从补肾健脾、益气生血、疏肝解郁、化痰通络着手，从整体上调理女性生理功能从而达到促排卵的作用，平时要注意饮食，积极锻炼身体。