治疗女性排卵障碍，可以内分泌紊乱入手，对有合并有内分泌紊乱疾病的病人，还要接受内分泌紊乱的治疗，在内分泌状态相对良好的时期怀孕，可以减少流产率及孕期并发症的发生。或者加强黄体功能，部分排卵异常是由黄体功能不足所致的，也需要加强黄体功能。
治疗的目的主要是建立有排卵的正常月经周期，恢复生育能力，消除多毛。一旦建立了正常的月经周期，就能受孕，卵巢也不再产生过多雄激素，多毛也随之消失。恢复正常月经周期。
治疗大概3个月，导致女性出现排卵障碍的问题，有内分泌紊乱，卵巢局部因素等，对于有排卵障碍的病人一般可以采用促排卵药物进行治疗，也可以配合中药进行调理，由于每个人的身体体质都是不同的，所以治疗的时间长的也会因为个人情况而不同。
出现排卵障碍，应该注意查找病因，比如有可能是卵巢本身疾病，也有可能是下丘脑、脑垂体分泌的促激素水平偏低，具体还要医生做相关检查，才能给予相应的对症处理措施。如果只是卵巢排卵障碍，可以在医生指导下使用促排卵药物，可以促进卵巢卵泡发育，有利于卵泡排出。
不排卵的原因很多，卵细胞生长异常、排除动力不足、多囊卵巢等都可以导致。要结合全身的激素检查，同时阴超监测卵细胞生长情况，来判断病情，选择治疗办法。中医师认为排卵障碍也是由于肾虚所致，可兼气虚、血热、肝郁、血虚或痰阻所致。中药促排卵药物需从补肾健脾、益气生血、疏肝解郁、化痰通络着手。