治疗女性排卵障碍，可以内分泌紊乱入手，对有合并有内分泌紊乱疾病的病人，还要接受内分泌紊乱的治疗，在内分泌状态相对良好的时期怀孕，可以减少流产率及孕期并发症的发生。或者加强黄体功能，部分排卵异常是由黄体功能不足所致的，也需要加强黄体功能。
治疗的目的主要是建立有排卵的正常月经周期，恢复生育能力，消除多毛。一旦建立了正常的月经周期，就能受孕，卵巢也不再产生过多雄激素，多毛也随之消失。恢复正常月经周期。
出现排卵障碍，应该注意查找病因，比如有可能是卵巢本身疾病，也有可能是下丘脑、脑垂体分泌的促激素水平偏低，具体还要医生做相关检查，才能给予相应的对症处理措施。如果只是卵巢排卵障碍，可以在医生指导下使用促排卵药物，可以促进卵巢卵泡发育，有利于卵泡排出。
排卵障碍可以吃谷类食物，在日常生活中应该多吃些谷类食物，这些食物中都含有大量的植物雌激素，可促进女性排卵。除了谷类食物之外，还有像豆类、茴香、葵花子、洋葱等，这些食物中同样含有丰富的雌激素，因此经常有不排卵情况的女性朋友应该多吃这些食物。
排卵障碍以外的其他内分泌系统如甲状腺、肾上腺皮质功能失调和一些全身性疾病如重度营养不良可影响卵巢功能而导致排卵障碍。去医院就诊，查明病因，进行治疗。排卵障碍多见于内分泌疾病，建议详查内分泌水平，明确不排卵的原因，不建议盲目使用促排卵药物。以免引发卵巢过度刺激或流产。