健康教育：加强疾病认识，了解性交知识，消除恐惧，减轻心理影响；药物治疗：针对不同的性功能障予以相应的药物治疗；物理治疗：如不射精可进行电动摩擦治疗，不兴奋可进行振动治疗。
性功能障碍的治疗方法，临床上常用7种方法进行治疗。第1种，通过验证论治，采用中药汤剂进行调理治疗。第2种，可以用针灸疗法，分为体针，耳针，以及穴位埋线。第3种，可以进行手术治疗，如包皮过长，包茎，可以行包皮环切术。
通常情况下，性功能障碍患者心理治疗效果不错。
有针对性功能障碍的病人，一般都是因为心理因素导致的性功能障碍，这些病人一般都是没有器质性病变的。所以有针对性功能障碍的病人，如果是心理原因引起的，一定要接受正规的心理治疗。针对这部分患者，往往是因为性经验不多，性技能不强，或者性经历过失败，心理上会产生一些负面的情绪和压力，从而导致患者出现勃起功能障碍、早泄等性功能障碍，及时进行正规的性心理治疗。
性功能障碍的治疗较为复杂，这是因为性功能障碍的发生和多种因素相关，可时心理性或器质性或混合性因素所造成。器质性因素多为血管性，神经性病变及内分泌等变化。
性功能障碍以男性衰老出现性功能障碍最为多见，该病例经口服西地拉非可取得有效治疗。性功能障碍还可由心血管，高血压，糖尿病及高脂血症，肥胖等内分泌疾病所造成，有必要说把原来病有效地控制住，解除对血管内皮细胞的伤害，而对这些疾病的治疗药物应引起重视，还会造成性功能障碍。因此，一定要规范性用药，还要协助他达拉非和西地那非的好转，若在医院信息处造成用药，则疗效不一定理想，需手术治疗。
性功能障碍应加强对性知识的引导，消除对性问题的忧虑和恐惧，纠正错误的性观念和性交方法，使夫妻的性生活协调一致。心理治疗强调个体化治疗，常用的有心理分析、厌恶疗法、全身脱敏疗法、家庭疗法等。主要通过性集中训练，使之逐渐适应，熟悉性交过程，提高自己的性反应意识，充分享受性交的快感，减少对性交的焦虑和恐惧。在治疗过程中，另一方应避免性体验、性自尊和性幻想的不良刺激，避免有害的性吸引活动。耻骨尾骨肌训练对于骨盆底肌松弛或产后耻骨尾骨肌发育不全的妇女尤其有效。
性功能障碍的治疗有这些，勃起功能障碍：包括药物治疗、真空负压勃起装置、手术治疗等。手术治疗包括血管手术和阴茎假体植入术。目前阴茎假体植入术是最终治疗选择，适用于其他治疗无效的勃起功能障碍，疗效确切。射精异常：以早泄最为常见，在使用药物治疗之前，建议通过性感集中训练，逐渐恢复正常的性交和射精方式，有利于恢复身心健康，减少花费。