一般“人乳头瘤病毒什么药治最好”的说法不合理，患者可以在医生的指导下使用药物进行治疗。
人乳头瘤病毒可以通过外用药来进行局部用药，例如五氟尿嘧啶软膏，以及口服干扰素等全身免疫调节剂。人类表皮细胞是HPV感染的唯一的寄生因子，它可以透过受损的皮肤侵入到表皮，并在表皮上繁殖，造成表皮上皮细胞增生，从而造成疣样病变。同时也可以进行激光、冷冻等局部外科治疗，或者是外敷药物。
人乳头瘤病毒感染可按医生的要求及时用干扰素治疗，亦可服胸腺肽、转移因子之类的药治疗。
对于患者来说，需要选择合适的方法进行预防和治疗，比如外用干扰素，口服胸腺肽、转移因子。此外，也可通过物理等方法加以改进，比如激光或冷冻。如情况严重或者出现并发症，亦可采用手术切除。
治疗过程中，要重视补充人体需要的养分补充，忌刺激性食物。
干扰素通常能治疗人乳头瘤病毒感染。
人乳头瘤病毒感染可能会引起皮肤粘膜病变,也有可能会导致肿瘤病变。人乳头瘤病毒感染患者通常可以在医生的指导下使用干扰素进行治疗，比如胸腺肽、白介素或者转移因子等，通常能释放更多细胞因子，清除人体内的人乳头瘤病毒。
人乳头瘤病毒感染时候需要治疗的。
人乳头瘤病毒的治疗包括局部药物治疗和物理治疗等。治疗药物可为抗病毒，抗增生和免疫调节剂等，也可采用物理治疗和冷冻疗法等、电灼疗法和激光治疗，这几种疗法普遍用于人乳头瘤病毒感染者。患处较大的情况下，可以手术切除。
干扰素、胸腺五肽、转移因子等都是目前治疗人乳头瘤病毒的主要药物。
人乳头瘤病毒可以引起细胞免疫，使其产生更多的细胞因子，从而将人体中的HPV清除。人乳头瘤病毒能感染皮肤，导致多种疣样皮肤病。人乳头瘤病毒的主要宿主是人类表皮细胞，可以透过皮肤的损伤，进入表皮，在表皮细胞中繁殖。
人乳头瘤病毒的治愈方式主要有物理治疗以及药物治疗等。
人乳头瘤病毒的物理治疗方法可迅速清除肉眼可见瘤体及临床感染。这些物理方法主要有冷冻，激光，手术切除，电灼等。药物治疗以减轻疾病症状为主，常用的药物有氟尿嘧啶软膏，行局部药物治疗。也可采用免疫疗法，该疗法以辅助疗法为主，能降低复发概率，可采用卡介苗等。