干扰素、胸腺五肽、转移因子等都是目前治疗人乳头瘤病毒的主要药物。
人乳头瘤病毒可以引起细胞免疫，使其产生更多的细胞因子，从而将人体中的HPV清除。人乳头瘤病毒能感染皮肤，导致多种疣样皮肤病。人乳头瘤病毒的主要宿主是人类表皮细胞，可以透过皮肤的损伤，进入表皮，在表皮细胞中繁殖。
一般“人乳头瘤病毒什么药治最好”的说法不合理，患者可以在医生的指导下使用药物进行治疗。
人乳头瘤病毒可以通过外用药来进行局部用药，例如五氟尿嘧啶软膏，以及口服干扰素等全身免疫调节剂。人类表皮细胞是HPV感染的唯一的寄生因子，它可以透过受损的皮肤侵入到表皮，并在表皮上繁殖，造成表皮上皮细胞增生，从而造成疣样病变。同时也可以进行激光、冷冻等局部外科治疗，或者是外敷药物。
人乳头瘤病毒感染可按医生的要求及时用干扰素治疗，亦可服胸腺肽、转移因子之类的药治疗。
对于患者来说，需要选择合适的方法进行预防和治疗，比如外用干扰素，口服胸腺肽、转移因子。此外，也可通过物理等方法加以改进，比如激光或冷冻。如情况严重或者出现并发症，亦可采用手术切除。
治疗过程中，要重视补充人体需要的养分补充，忌刺激性食物。
人乳头瘤病毒感染通常不好治疗。
人乳头瘤病毒感染传染性较强，主要通过性接触传播。人乳头瘤病毒感染患者常会诱发尖锐湿疣、寻常疣等疾病，还可能会有癌变的风险，患者可能会患上宫颈癌。由于人乳头瘤病毒感染通常容易复发，因此治疗起来比较困难，建议患者尽量配合医生进行治疗，以控制病情的进展。
HPV感染后需要多长时间才能痊愈取决于自身的免疫力和生活习惯。治疗过程从几个月到几年不等。
HPV感染的康复期与HPV的种类、个人的免疫力、所用的药物有关，不能判断出HPV的治愈周期，治疗期间患者要注意多休息，同时坚持清淡饮食，不要吃辛辣刺激性食物，增加营养的摄入，有利于身体恢复。
人乳头瘤病毒感染时候需要治疗的。
人乳头瘤病毒的治疗包括局部药物治疗和物理治疗等。治疗药物可为抗病毒，抗增生和免疫调节剂等，也可采用物理治疗和冷冻疗法等、电灼疗法和激光治疗，这几种疗法普遍用于人乳头瘤病毒感染者。患处较大的情况下，可以手术切除。