尖锐湿疣初期需要及早的治疗。大多采用激光或者冷冻的办法祛除疣体。有时也可以适当的口服一些争强免疫的调节剂，在治疗之后需要注意局部的清洁卫生，防止治疗后的创伤继发其他的感染。
可以将药物涂于疣体处，局部使用光敏剂如氨基酮戊酸，经光照射后选择性的引起局部炎症，以及被感染的细胞死亡，适合于皮损范围广泛，反复发作或者是尿道口的尖锐湿疣的治疗。
湿疣的话注意保持阴部清洁卫生，去医院的话可以用激光冷冻治疗，可以局部用药，进行治疗，可以配合中药进行治疗，增加身体抵抗力。瘤体比较大的话，可以考虑做手术，微波治疗。
尖锐湿疣常规的治疗方法有药物治疗、冷冻治疗、激光治疗、微波治疗、电烧治疗、手术刮除法治疗等。目前治疗尖锐湿疣的方法，用传统中药治疗，既快又彻底，无任何痛苦，不复发，疣体自然脱落，尖锐湿疣复发率很高，正确治疗的关键是抗复发。
冻疗法：-196℃低温的液氮压冻法治疗，适用于数量少、面积小的尖锐湿疣，可行1~2次治疗，间隔时间为一周。激光治疗：通常用CO2激光，用烧灼法治疗尖锐湿疣，对单发或少量多发疣体可行一次性治疗，对多发或面积大的疣体可行2~3次治疗，间隔时间一般为一周。电灼治疗：用高频电针或电刀切除尖锐湿疣，本疗法适用于数量少，面积小的尖锐湿疣。
肛门尖锐性湿疣要及时去当地的正规医院检查后，看病因进行治疗。治疗期间要注意个人的清洁卫生，平时换下来的内裤一定要分开，内裤洗完以后要放在太阳底下暴晒，人平时也要多晒太阳，多喝水。