治疗病毒疣，首先应根据病毒疣生长在哪里，疣体有多大，有多大等情况，制订治疗方案。
通常可外用氟尿嘧啶软膏治疗、咪喹莫特膏、干扰素软膏，酞丁胺擦剂治疗，如有需要，也可将疣体刮除，再用碘伏、医用酒精消毒，能够有效的改善病症，在治疗期间要注意多休息，有助于病情恢复。
病毒疣的治疗首先要看病毒疣长在什么部位、疣体的大小和多少来制定治疗方案。如果病毒疣主要长在面部、手背部疣体扁平，那就叫扁平疣，如果比较多，急性发作，可以用系统的治疗方法，用一些提高免疫力的药物，如果是长在掌跖部位，数量较少，个体较大，可以用物理的去除的方法如：冷冻治疗、激光、微波治疗。如果是长在生殖器部位的病毒疣，很容易复发，就要系统和物理治疗。
脚上长病毒疣比较小，可以考虑局部激光或者电烧、冷冻治疗。如果是较大的、单个的跖疣，可以外科手术切除，也可以局部外用药膏治疗。直到消退，可出现局部的疼痛、红斑、色素沉着等副作用，尽可能少走路，休息时将脚抬高利于恢复。需按照疗程重复治疗。
其实病毒疣是无法根治的。
病毒疣的种类很多，除了需要用镊子夹住传染性软疣之外，其他的病毒疣都可以通过冷冻、激光、微波、电离子治疗仪进行治疗，如果一次不够，还可以多次治疗。激光去除丝状疣和扁平疣的效果最好。
病毒疣可以通过口服和外用中药熏洗浸泡来治疗。皮肤表面疣具有传染性，主要是通过自身接种或者共用毛巾、浴巾等方式传播。尖锐湿疣主要是通过性传播的。
初起为淡红色丘疹，渐成菜花状、鸡冠状、乳头状等。容易传染、复发性强。治疗不当或反复发作有恶性病变的可能。有冷冻，激光，同位素和药物等方法。前三者需要到专业地方治疗否则会留疤痕，药物治疗是纯中药制剂，直接涂抹在疣体上，就会自己结痂脱落的。
脸上的病毒疣能根治，需要积极配合医生治疗。
病毒疣可能是人乳头瘤病毒感染导致的，表现为乳头状、菜花状的疣体，长在脸上时，非常影响美观。脸上的病毒疣通常可以根治，患者需要在正规医院通过冷冻、激光治疗来改善情况，还要提高自身免疫力，能够促进病毒疣的消退。