传染性软疣通常没有最好的药，药物治疗方面可以使用阿昔洛韦片、碘酊、苯酚等。
遵医嘱服用阿昔洛韦片对传染性软疣病毒的治疗有效。也可以用镊子挤出损伤中心乳酪状物质，然后用牙签蘸上酚或碘酊滴在挤空损伤处，一星期左右可愈合。如损伤为小丘疹，可用牙签蘸上少许苯酚，需要2~3天后再少许涂抹，通常经过10多天即可治愈。
一般没有“传染性软疣怎么治疗最好”的说法，患者可以通过以下方式进行治疗：
1、药物治疗：患者可以在医生的指导下使用维A酸乳膏、咪喹莫特乳膏等药物进行治疗。
2、冷冻治疗：患者也可以采用冷冻治疗，利用低温是疣体坏死。
，从而达到治疗的目的。
患者平时加强营养，多食蔬菜、水果，多饮水。
常可以外用肽丁胺软膏、咪喹莫特乳膏、5%5-氟尿嘧啶乳膏等，都有很好的治疗效果。
除使用以上药膏以外，还可用小镊子夹住受损软疣小体，将其挤出或挑出，然后点入浓石炭酸或三氯醋酸，并按压止血。如果疣体较小且分布广泛，可涂上10%碘酊，每天2-3次，平时患者应对使用过衣服或用具进行消毒。
治疗传染性软疣，可以外用五妙水仙膏、碘伏、碘酊等药物来缓解传染性软疣的症状。
五妙水仙膏具有消炎解毒、去腐生新、收敛杀菌、清除体内的细胞增殖等作用，对传染性软疣具有一定的作用。碘伏是一种配合碘，不需要用乙醇去碘，而碘酒则是用乙醇去碘，两者其实是同一种东西，通常会根据碘化法和对表皮的破坏来达到消毒效果，虽然可以治疗感染性的疾病，但却无法彻底治愈。
传染性软疣治疗方法有药物治疗、物理治疗等。
传染性软疣是一种比较常见的皮肤疾病，主要由病毒感染所致。传播途径以直接接触为主。也可能是由自身免疫或在公共场所感染。以米粒大的半圆形丘疹为特征，中央呈浅浅的凹陷，呈脐窝状，呈蜡质。日常生活中要保持良好的个人清洁，避免和别人分享沐浴用品，避免被传染。可用乙醇棉进行局部杀菌，再用钳夹将其挤压出来，再涂抹碘酊。还可以使用激光治疗、电离子治疗等方式治疗。